予約サイトの在庫管理システム.宿泊予約サイトの在庫を自動同期し一元管理.

はい。ご指摘の可能性は確かにあります。

ダブルブッキングを完全に避ける方法は　申し込みの経路を一つに絞ること以外にありえません。
じゃらん用の部屋・楽天用の部屋として　弊社システム上でも部屋タイプを分けて　予約もそれぞれに受けるという形になります。ただし　この方法では　部屋の最大空室数を提供することはできません。

例えば　和室10室あったとして　じゃらんに5部屋　楽天に5部屋　提供すれば　ダブルブッキングはなくなります。

しかし　これでは部屋を効率よく提供することはできません。じゃらんで予約が入らず空いている部屋を　楽天へ提供できたら・・・と　お考えであれば　弊社システムで部屋タイプを分けず10室で管理し　予約が入るたびにじゃらん・楽天と同期を取っていけば　空室ＭＡＸを両サイトで提供できます。
ただし　じゃらんや楽天が強制的に部屋を確保させることを規定している限り　ダブルブッキングの可能性は　常にあります。
この場合　どちらか片一方の集客サイトのみを利用する以外　ダブルブッキングを回避する手立てはありません。

ただ　この問題は　じゃらんと楽天を併用して　ご利用の場合には　手作業であっても起きる問題です。逆に　手作業の場合は　調整作業のスピードが遅くなるため可能性はもっと高まります。上記の問題が起きる確率と　普段の作業の効率化の　両方を比較してご検討いただければ幸いです。